Atualmente, a frota da Viação São Raphael é composta por 71 (setenta e um) ônibus. Destes, 48 (quarenta e oito) são rodoviários e 23 (vinte e três) são suburbanos.
São ônibus de diversas marcas e modelos projetados para atender os serviços rodoviários de longa e curta distância, suburbanos, bem como fretamentos contínuos e eventuais.
A empresa dá enorme ênfase em segurança e conforto dos seus passageiros.
Em razão disso, todos os ônibus de sua frota recebem, periodicamente, manutenções preventivas em sua matriz situada na cidade de São José do Rio Preto, Estado de São Paulo.
Desde 2008 a Viação São Raphael, em sua linha VIP São Paulo, passou adquirir ônibus equipados com freio ABS e câmbio automático, acarretando frenagens mais precisas e trocas de marchas mais suaves; por conseguinte, viagens muito mais seguras e agradáveis aos clientes.
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